O diagnóstico de cirrose biliar primária deve ser estabelecido pelo achado de um teste positivo para anticorpo anti-mitocondrial seguido de biópsia hepática, com sua anatomopatologia característica.
Em alguns casos toma-se necessária a exclusão de desordens extrahepáticas, que podem simular a cirrose biliar primária. Vale a pena ressaltar, que os pacientes com cirrose biliar primária possuem uma incidência mais elevada de cálculos biliares. Geralmente os exames de imagem (ultra-som, tomografia computadorizada e colangioressonância) são empregados com sucesso na identificação de desordens biliares extra-hepáticas e distúrbios da vesícula biliar.
Há adenopatia peri-hilar benigna em 15% dos casos. Toma-se importante o diagnóstico diferencial com malignidade.